Confina a nord con il Sudan, a est con il Kenia, a sud con la Tanzania e il Ruanda e a ovest con la Repubblica Democratica del Congo.
La parte meridionale del territorio comprende una parte sostanziosa del Lago Vittoria, che, per il resto, appartiene a Kenia e Tanzania.
Il territorio dell'Uganda è caratterizzato dalla presenza di numerosi laghi, fiumi (il più importante dei quali è il Nilo bianco), foreste equatoriali e savane.
Nella parte meridionale è attraversato dall'Equatore.
Gran parte del paese è situato su un altopiano a circa 1.000 metri sul livello del mare con un clima piuttosto ricco di precipitazioni, solo la parte settentrionale è semiarida.
Il punto meno elevato del paese è in corrispondenza del basso corso del Nilo a circa 610 metri sul livello del mare mentre la vetta più elevata è il Margherita Peak (anche chiamato Mount Stanley, 5.110 metri) nella catena del Ruwenzori.
L'istituzione dei primi parchi nazionali in Uganda risale al 1952, il provvedimento trasformò il paese in un'ambita meta turistica nell'Africa orientale.
Il turismo subì però una battuta d'arresto con i conflitti degli anni Settanta e Ottanta che danneggiarono notevolmente le infrastrutture e compromisero in parte il programma di tutela ambientale.
Nella metà degli anni '80 il sistema delle aree protette è stato riorganizzato, sono stati istituiti nuovi parchi nazionali e la gestione delle aree protette è passata sotto l'egida del Ministero del Turismo.
I parchi nazionali e le zone selvagge godono oggi di buona salute ed esistono le condizioni ideali per il ricostituirsi della fauna endemica.
Il Kibale National Park ospita la più elevata densità di primati al mondo e il Bwindi National Park è uno degli ultimi habitat del gorilla di montagna.
Gran parte del paese gode di un clima tropicale mitigato dall'altitudine.
Il periodo migliore per visitare il paese è tra fine dicembre e fine febbraio, periodo in cui il clima è generalmente secco (senza essere eccessivamente caldo), e tra metà giugno e metà agosto.
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